翌年再获冠军晋升到第三级的地区联赛南部赛区Regionalliga Süd在地区联赛的首个赛季200102年只能以第13位完成拜仁慕尼黑轻松战胜亚琛斩获德甲胜利，接着连续两年排第5位，200405年稍跌到第7位，翌年即反弹升上第4位霍芬海姆于200304年首次亮相德国杯，先后淘汰德乙的特里尔Eintracht Trier及卡尔斯鲁厄德甲的。
因为德甲以外的那些所谓欧洲豪门如果在德甲50+1环境下，应该也会趋于平庸的德甲以外的联赛不过是靠资本野蛮生长的商业游戏罢了平博体育1932年拜仁赢得了队史首次德国全国联赛冠军1963年因德国足协不允许同城市有两队参加德甲，球队遗憾地未能成为德甲创始成员196566赛季球队首次参加德甲，最终获得第三拜仁男。
2006年年初，诺伊尔被评为盖尔森基兴市年度最佳运动员，此前还曾赢得过“弗里茨瓦尔特奖”德国青年球员奖2006年8月19日，200607赛季德甲第2轮客场对阵亚琛队，由于主力门将罗斯特小腿受伤，诺伊尔迎来个人职业比赛处子秀，帮助沙尔克04客场10胜亚琛队，从第10轮主场22战平拜仁慕尼黑一战开始。
德甲20052006赛季总进球861个，场均281个，为五大联赛之首冠军为拜仁慕尼黑，拜仁慕尼黑轻松战胜亚琛斩获德甲胜利他们取得了22胜9平4负的成绩，进球67个，失球32个，马凯以17球成为队内最佳射手射手王为米罗斯拉夫拜仁慕尼黑轻松战胜亚琛斩获德甲胜利？克洛泽，他出场2521分钟，打进25球助攻最多的是米库14次德甲20062007赛季的十八支球队为亚琛比勒费尔德。
这一年拜仁是真正的双冠王在德甲联赛中8分领先亚琛夺冠，以及在德国杯中击败沙尔克夺冠然而，之后的德甲中冒出了一支让拜仁接下来几年都拼命竞争的球队门兴格拉德巴赫门兴人两次击败了拜仁，夺走了1970和1971年的德甲冠军 1972年拜仁在新帅乌多·拉特克的带领下，在崭新的慕尼黑奥林匹克球场重新举起德甲冠军奖盘。
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